Khi Congo giành được độc lập từ Bỉ vào ngày 30 Tháng Sáu 1960, cuộc khủng hoảng Congo bắt đầu. Kabila là một "phó chỉ huy" trong các thanh niên Balubakat, cánh thanh niên của Lumumba Patrice liên kết Tổng hội nhân dân Baluba của Katanga (Balubakat), tích cực chiến đấu với lực lượng ly khai của Moise Tshombe. Trong vòng vài tháng Lumumba bị Joseph Mobutu lật đổ. Vào năm 1962, Kabila được bổ nhiệm để sắp xếp tỉnh Bắc Katanga và là chánh văn phòng Bộ trưởng Bộ Thông tin Ferdinand Tumba. Ông đã thiết lập cho mình như là một người ủng hộ đường lối cứng rắn Lumumbist Prosper Mwamba Ilunga. Khi các Lumumbists hình thành Conseil giải phóng quốc gia, ông đã gửi đến phía đông Congo để giúp tổ chức cuộc cách mạng, đặc biệt là trong Kivu và Bắc tỉnh Katanga. Năm 1965, Kabila thiết lập một hoạt động phiến quân qua biên giới từ Kigoma, Tanzania, trên hồ Tanganyika.

Che Guevara hỗ trợ Kabila trong một thời gian ngắn vào năm 1965. Guevara đã xuất hiện ở Congo với khoảng 100 người đàn ông nhằm lên kế hoạch mang lại một cuộc cách mạng phong cách Cuba. Theo Che Guevara, Kabila là "không phải đàn ông của giờ giấc". Điều này, theo ý kiến của Guevara là do Kabila cung cấp vật tư, viện trợ, hoặc lưu trữ cho người của Guevara trễ nhiều ngày. Việc thiếu hợp tác giữa Kabila và Guevara đã dẫn đến các cuộc nổi dậy và bị đàn áp trong cùng năm đó.

Trong quan điểm của Guevara, tất cả những người ông gặp trong suốt chiến dịch tranh cử của ông ở Congo, Kabila là chỉ là người đàn ông "chất lượng chính hãng của một loạt nhà lãnh đạo" nhưng kiển trách ông cho sự thiếu " mức độ cách mạng ". Sau sự thất bại của cuộc nổi loạn, Kabila quay lại buôn lậu vàng và gỗ trên hồ Tanganyika. Ông cũng chạy quán bar ở Tanzania.

Năm 1967, Kabila và các chiến binh ủng hộ còn lại của ông di chuyển hoạt động của họ vào miền núi Fizi - Baraka, khu vực Nam Kivu và thành lập Đảng cách mạng nhân dân (PRP). Với sự hỗ trợ của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, PRP đã tạo ra một nhà nước chủ nghĩa Mác ly khai trong tỉnh Nam Kivu, phía tây hồ Tanganyika. Nhà nước mini tổng thể bao gồm nông nghiệp tập thể, tống tiền và buôn lậu khoáng sản. Các chỉ huy quân sự địa phương đã nhận thấy được những vùng đất PRP kiểm soát, và báo cáo buôn bán thiết bị quân sự để đổi lấy, cắt giảm lợi nhuận từ tống tiền và cướp tài sản. Cuối những năm 1970 và đầu những năm 1980, Kabila đã tích lũy được tài sản đáng kể và xây dựng nhiều nhà ở trong vùng Dar es Salaam và Kampala. Tình trạng PRP hoạt động đã kết thúc vào năm 1988, Kabila biến mất và được tin là đã chết. Trong khi ở Kampala, Kabila đã gặp Yoweri Museveni, tổng thống tương lai của Uganda. Museveni và cựu Tổng thống Tanzania Julius Nyerere sau đó giới thiệu Kabila gặp Paul Kagame, người sau này trở thành tổng thống của Rwanda. Những liên lạc cá nhân đã trở thành quan trọng vào giữa những năm 1990, khi Uganda và Rwanda đang tìm kiếm một khuôn mặt mới cho Congo với mục đích can thiệp của họ ở Zaire